对于善意取得虚开发票的企业，应该如何处理？

　　根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，善意取得虚开发票是指购货方与销售方存在真实交易，发票内容与实际相符，且购货方不知销售方发票为非法取得。对于此类企业，可按以下方式处理：

　　及时向税务机关报告：企业一旦发现取得的发票为虚开发票，应第一时间向税务机关主动报告，说明相关情况，积极配合税务机关的调查工作，如实提供合同、资金流、物流等相关经营情况以及发票取得过程等信息，争取从轻处理。

　　进行进项税额转出：根据《国家税务总局关于纳税人虚开增值税专用发票征补税款问题的公告》规定，纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。倘若已经进行了抵扣，纳税人应作进项转出。

　　重新取得合法有效的发票：如果纳税人能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关已经或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款。

　　无法重新取得发票的处理：若不能重新取得合法、有效的专用发票，则不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款。同时，根据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》，企业应当取得而未取得发票，若支出真实且已实际发生，应当在当年度汇算清缴期结束前，要求对方补开、换开发票。因对方注销、撤销等特殊原因无法补开、换开发票的，可凭无法补开换开原因的证明资料、相关业务合同、采用非现金方式支付的付款凭证等资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除。

　　注意滞纳金问题：根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》，纳税人善意取得虚开的发票被依法追缴已抵扣税款的，不属于《税收征收管理法》“纳税人未按照规定期限缴纳税款”的情形，不加收滞纳金。